zoobio@site

海洋環境アセスメントのための微生物実験法増補・改訂版

総　　論
1 章　微生物学的側面からの海洋環境のアセスメント（石田祐三郎）

基　礎　編
2 章　海洋の試料の採取法と化学物質の測定法
1 節　海水および底泥採取法
§1．海水のサンプリング法 （深見公雄）
§2．底泥のサンプリング法 （石田祐三郎）
§3．プランクトン採取法 （今井一郎）
　
2 節　海洋の化学物質の測定法
§1． 塩分（Salinity） （深見公雄）
§2． 溶存酸素（DO：Dissolved Oxygen） （深見公雄）
§3． アルカリ度（Alkalinity） （深見公雄）
§4． pH （深見公雄）
§5． 懸濁物重量（SS：Suspended Solids） （深見公雄）
§6． 海水中の懸濁態と溶存態の分離法 （菅原　庸）
§7． アンモニア態窒素 （菅原　庸）
§8． 亜硝酸態窒素 （菅原　庸）
§9． 硝酸態窒素 （菅原　庸）
§10．全窒素 （菅原　庸）
§11．リン酸態リン （近藤竜二）
§12．全リン （近藤竜二）
§13．硫化物（底泥） （近藤竜二）
§14．水中の植物色素（クロロフィル） （江口　充）
§15．水と泥の化学的酸素消費量（COD：Chemical Oxygen Demand）（江口　充）
§16．生物化学的酸素消費量（BOD）（江口　充）
§17．全有機態炭素量（TOC） （江口　充）
§18．n-ヘキサン抽出物（石油を含む） （川合真一郎）
§19．重金属 （山本義和）

3 章　海洋汚染指標としての基準微生物測定法
1 節　微生物実験の基本操作法
§1．微生物実験の特徴と注意 （藤井建夫）
§2．培地の調製 （杉田治男）
§3．微生物の計数法 （杉田治男）
§4．細菌の同定 （杉田治男）
§5．微生物の形態学的性質 （藤井建夫）
§6．微生物の生理学的性質 （藤井建夫）
　
2 節　環境微生物計数・分離法
§1．大腸菌群の計数・分離法と培地 （木村　凡・藤井建夫）
§2．直接計数法 （吉永郁生・前田俊道）
§3．赤潮微細藻類の計数と無菌培養法 （今井一郎）

応　用　編
4 章　各種環境微生物の測定法
1 節　環境微生物の計数・分解法
§1． 硝化細菌 （西尾孝之）
§2． 脱窒細菌 （西尾孝之）
§3． 硫酸還元細菌 （前田広人）
§4． 高分子分解細菌 （坂田泰造・吉川　毅）
§5． 好熱細菌 （坂田泰造・吉川　毅）
§6． 好冷細菌 （坂田泰造・吉川　毅）
§7． 嫌気性菌 （坂田泰造・吉川　毅）
§8． 光合成細菌 （坂田泰造・吉川　毅）
§9． バクテリオファージ （坂田泰造・吉川　毅）
§10．難分解性細菌 （川合真一郎）
§11．好圧細菌の計数・分離法 （中山昭彦）
§12．nonculturable bacteria 計数法（吉永郁生）
§13．赤潮・貝毒プランクトンのシストの計数 （山口峰生・今井一郎）
§14．従属栄養性微小鞭毛虫の識別と計数法 （今井一郎・深見公雄）
§15．海洋細菌の抗菌活性の測定 （杉田治男）
§16．アオコ形成ラン藻の計数と同定 （吉田天士・広石伸互）

2 節　環境微生物の分子識別法（1）細菌
§1．海洋細菌のゲノム DNA の抽出
　　（吉永郁生・内田　有恆・片野坂徳章・芝　恒男）
§2．16S rRNA 遺伝子（16S rDNA）の PCR 増幅
　　（吉永郁生・内田　有恆・片野坂徳章・芝　恒男）
§3．16S rRNA 遺伝子の塩基配列決定
　　（吉永郁生・片野坂徳章・芝　恒男）
§4．16SrDNA-RFLP法（吉永郁生・片野坂徳章・芝　恒男）
§5．16S rDNA 塩基配列情報に基づく分子系統解析
　　（吉永郁生・片野坂徳章・芝　恒男）
§6．DNA/DNA ハイブリダイゼーション （近藤竜二）
§7．LAMP 法による迅速・正確な遺伝子の検出方法 （江口　充）
§8．コロニー PCR 法による細菌16SrRNA遺伝子の増幅（北口博隆）
　
3 節　環境微生物の分子識別法（2）赤潮有毒微細藻類
§1．モノクローナル抗体法 （足立真佐雄・広石伸互）
§2．rRNA 遺伝子による系統解析 （左子芳彦）
§3．蛍光 in situ ハイブリダイゼーション法による分子識別（左子芳彦）

5 章　環境汚染物質と微生物の活性の測定法
1 節　難分解性化合物の分析法
§1．内分泌攪乱物質のin vitroスクリーニング法（川合真一郎）
§2．難分解性物質の分解活性試験法 （川合真一郎）
　
2 節　赤潮藻の増殖潜在力測定法 179
§1．AGP 試験（藻類増殖潜在力試験）（西島敏隆） 179
　
3 節　微生物の生産測定法
§1．有機物分解活性 （菅原　庸）
§2．光合成活性（一次生産） （深見公雄）

6 章　環境修復技術（バイオレメディエーション）
1 節　赤潮殺藻微生物計数法
§1．殺藻細菌と殺藻真核微生物 （満谷　淳・坂田泰造）
§2．微細藻類ウイルス （長崎慶三）
索　引

最近では、実験法や分析法などの本を読むことが少なく、ほとんど購入していなかったが、分野外の論文や報告書を熟読するにあたり、恥ずかしながらあまりにも微生物の実験や分析に関する知見に乏しいことに気付きました（薄々分かっていたことだが気付かないふりをしていた）。

この本は、大学生や大学院生向けにおそらく講義で使用されているもので、微生物に関わる研究者が執筆されたものです。海水や底泥の採取方法から基本的な水温、塩分、pHに始まり懸濁態や溶存態の物質の分析、そして後半は微生物の分析に関することまで述べられています。

論文等で○○法によってとか、○○の方法に従ってとか･･･まったく知らない分野での方法を用いられているとGoogle先生に頼りながら読むわけですが、埒が明かない場合が多く、結局方法論の書かれた本を探すことになる場合が多いです。

微生物に関する研究はしてないけど、海の研究者には一冊持っていても損はしないと思います。

books アセスメント, 微生物

今日もお酒を嗜んでいます、zoobioです、こんばんは。

今回は、前回紹介した海の環境微生物学に関連する本を紹介したいと思います。

海洋微生物の分子生態学入門

1 海洋微生物学の発展の歴史(一般微生物から海洋微生物へ海洋微生物の発見(ゾベル、1946) ほか)
2 海洋生態系における微生物を中心とした食物連鎖と食物網(海洋の生物生産栄養段階のピラミッド ほか)
3 物質循環における微生物(炭素サイクル窒素サイクル ほか)
4 海洋微生物のプロフィル(海洋ファージとウイルス海洋細菌 ほか)
5 海洋の環境特性と海洋微生物(海水の塩分環境と海洋細菌海洋の低温環境と海洋細菌 ほか)

 サブタイトルが「生態学の基礎から分子まで」となっているとおり、微生物に特化しつつ幅広い内容です。

微生物学の歴史から始まり、微生物の発見から近年の種の分類やタンパク質の解析など網羅されています。

メインの話題は、微生物を介した物質循環で、分解者としての役割や種の環境耐性とあります。

最後はやはり近年問題視されている赤潮で、その原理と個体群動態について綴られています。

微生物に関してはあまり取り組んだことがありませんでしたが、この本は非常に読みやすく、入門書として価値が高いように感じます。

大学生や大学院生などの教科書として十分役割を果たせそうです。

books 微生物, 物質循環, 生態系

お腹が空いてきました、zoobioです。

今回は海洋生物に関する本を紹介したいと思います。

海の環境微生物学

1章 環境微生物学の基礎
2章 海洋の生物環境における微生物の役割
3章 特定環境における海洋微生物の役割
4章 海の富栄養化の現状
5章 人工有機化合物による海洋汚染の現状と水生生物への影響
6章 海洋環境の保全のための微生物による環境修復
7章 組換え微生物の環境放出の防止

微生物はその名のとおり微細な生物で、原核生物や真核生物、ウイルスやワムシのようなごく小型の動物も含まれています。

その役割は、植物のように光合成するものや生物の死骸などの有機物を分解するもの、大型の微生物では小型の微生物を捕食するものなど様々です。

その中でも私の研究上での注目は、分解者としての微生物で、その過程は有機物から無機物へ変化させることやさらに海水中の酸素を消費することなど、海の物質循環の一部を担っています。

特に近年の環境問題の一つである貧酸素水塊は、微生物の活動がポイントとなります。

本書では、海の物質循環を考える上での微生物の活動に関して詳しく論じられていまして、環境修復へのアプローチも提案されています。

海の微生物を勉強したいと考えている方に紹介したい一冊です。

books 富栄養化, 微生物, 物質循環, 環境修復, 生態系